敦煌變文集新書的編次，和敦煌變文集頗有不同。新書是根據變文的發展過程，和變文的形式與內容來排列的。早期的變文居前，孳生的變文置後。變文的形式和內容大約可分成兩大類：第一類是講唱佛經和佛家故事的，第二類是講唱中國歷史故事的。第一類又可分成三種：第一種是按照佛經的經文，先作通俗的講解，再用唱詞重複解說一遍；第二種是講說釋迦牟尼太子出家成佛的故事；第三種是講佛弟子和佛教的故事。後兩種還是有說有唱。第二類也可分為三種，但不以故事內容分，而是按形式分的。第一種有說有唱，第二種有說無唱或有唱無說，第三種是對話體。這一分類和分類的排列次序，正好反映了變文的發生、發展和轉變為話本的全部過程，我在拙稿「敦煌變文新論」裏曾舉出這一串發生、發展和轉變事實的論證，在此不再多說。王重民等編纂敦煌變文集，以講唱歷史故事的變文領前，以講唱佛經的變文押後，這便看不出變文發展的先後流變。因此，敦煌變文集新書把講唱佛經的變文改放在前面；而押座文又是講經的先聲，所以把押座文冠於全書之首。押座文和講經文中，新加入了列寧格勒藏的一篇押座文和雙恩記、維摩碎金、維摩詰經講經文、十吉祥講經文四篇講經變文，以及臺北國立中央圖書館藏的一篇盂蘭盆經講經文。此外，又增加了新發現的秋吟一本，和日本龍谷大學藏悉達太子修道因緣一篇。其餘各篇的次第，也按性質內容有所調整。至於敦煌變文集卷八所載搜神記與孝子傳，雖然不是變文，但卻保存了變文的原始材料，故仍舊附錄於後。
經過調整編排，新書的次序：第一卷是押座文，凡九篇；第二卷是講經變文，凡二十三篇；第三卷是講釋迦太子出家成佛故事的變文，凡十二篇。第四卷是講佛弟子和佛教故事的變文，凡十二篇。第五卷是有說有唱的歷史故事變文，凡九篇。第六卷是有說無唱或有唱無說的歷史故事變文，凡十篇。第七卷是對話體的變文，凡八篇。尚有百鳥名一篇，頗似雜詠事物的唱辭，綴置在卷末。第八卷附錄變文資料，凡二篇。總計敦煌變文集新書八卷，凡八十六篇。計敦煌變文集原錄七十八篇，新增者八篇。新書以敦煌變文集為底本，凡增補者，皆加「規案」以示區別。
新書校輯的條例，依敦煌變文集的成規，茲說明如後：
一文題
１凡有原題者依原題，原題前後題不同者依前題，無前題者依內容或他書擬補文題，而以〔〕括之，並在校記第一條內作說明。
二底本與校本
１凡有兩卷以上者，以比較完整、比較清晰之本為底卷、而以他卷校之。底卷在校記內稱原卷，別卷以甲乙丙丁……為次，並作為代號。各卷的原編號、題記及書寫殘缺情況，均記入校記第一條。
２迻錄底卷原文，凡缺字、誤字、及不易認識之字均依原樣迻錄。
三校勘體例
１由于變文多俗語，而抄寫的人又限於學力，所以各本上異文和差別字甚多。因有影印卷子可資考核對照，故不關重要的異文均從省略。而特別著重在缺字、誤字、別字及不易認識的文字上面，儘可能掃除這些閱讀上的障礙。
２凡底本的缺字用□表之，缺若干字即用若干□。若不能確定所缺字數，則用……表之，而在校記內注明約缺若干字。（缺角、殘行、空洞、破字有需說明者亦在校內注明之。） ３凡缺字能據別本或上下文補足時，所補之字以〔〕括之。如底本原是脫誤，則先作〔□〕，然後注補字於（）內。
４誤字和別字多是因字形或字音相近致誤的，凡是校者以意改正的均注於該字之下，而用（）括之；據別本校正的，凡可從者注於（）內，再於校記中記明所據何本；次要異文不注於（）內，只記於校記中。其他最常見的別體字，如「暫」作「蹔」或「●」，「慚」作「●」，「靉靆」作「靉●」，一般可以認識者，則不加注解。
５不易認識的字大概是唐末五代的俗體字，而今已不通用，凡經過研究而能確信者，則依誤字、別字例用（）注於該字之下；不能確信而又可備一說者，則記所疑於校記內。
６敦煌寫本中有很多的同聲通用字，如「猶」與「由」、「如」與「而」、「以」與「已」、「列」與「烈」、「事」、「仕」與「士」、「留」與「流」、「感」、「憨」與「敢」之類，在今日閱讀起來，有的地方很容易看出，有的地方不容易看出，凡有需要注解方能明顯的地方，亦間採用別字例（）注之。 四標點與分段
１散文與韻文分段。韻文分兩層排列，散文內應再分段者提行。 ２基本上採用「標點符號用法」所規定的標點，但有的如破折號，使用極少。
３問答詞用「」括之。 ４〔〕（）兩符號，校勘文字時專用之，已在「校勘體例」內說明。