孙思邈，雍州华原人也。七岁就学，日诵千余言。弱冠，善谈老庄及百家之说，亦好释典。洛州总管独孤信，见而叹曰：“此圣童也。”但恨其器大识小，难为用也。后周宣帝时，思邈以王室多故，遂隐居太白山。隋文帝辅政，徵为国子博士，称疾不起。常谓所亲曰：“过是五十年，当有圣人出，吾方助之以济人。”及唐太宗即位，召诣京师。嗟其容色甚少，谓曰：“故知有道者诚可尊重。羡门、广成，岂虚言哉！”将授以爵位，固辞不受。唐显庆四年，高宗召见，拜谏议大夫，又固辞不受。上元元年，辞疾请归，特赐良马及鄱阳公主邑司以居焉。当时名士，如宋之问、孟诜、卢照邻等，皆执师弟之礼以事焉。思邈尝従幸九成宫，照邻病，留在其宅。时庭前有大梨树，照邻为之赋，其序曰：
“癸酉之岁。余卧疾长安光德坊之官舍。户老云是鄱阳公主邑司，昔公主未嫁而卒，故其邑废。时有处士孙思邈，道洽古今，学殚数术，高谈正一。则古之蒙庄子，深入不二。则今之维摩诘。至于推步甲乙。度量乾坤，则洛下闳、安期先生之俦也。自云开皇辛酉岁生，年九十三矣，察之乡里，咸云数百岁。又共话周齐间事，历历如目见。以此参之，不啻百岁人矣。然犹视听不衰，神彩甚茂。可谓古之聪明博达不死者也。”
时照邻有盛名，而染恶疾。嗟禀受之不同，昧遐夭之殊致。因问思邈曰：“名医愈疾，其道如何？”对曰：“吾闻善言天者，必质于人；善言人者，必本于天。天有四时五行，寒暑迭代，其转运也。和而为雨，怒而为风，寒凝而为霜雪，张而为虹蜺，此天地之常数也。人有四肢五脏，一觉一寐，呼吸吐纳，循而为往来，流而为荣卫，彰而为气色，发而为音声，此人之常数也。阳用其精，阴用其形，天人之所同者。及其失也，蒸则生热，否则生寒。结而为疣赘，陷而为痈疽，奔而为喘乏，竭而为焦枯。诊发乎面，变动乎形。推此以及天地，则亦如之。故五纬盈缩，星辰失度，日月错行，彗孛流飞，此天地之危疹也。寒暑不时，此天地之蒸否也；石立土踊，此天地之疣赘也；山崩地陷，此天地之痈疽也；奔风暴雨，此天地之喘乏也；雨泽不时，川源涸竭，此天地之焦枯也。良医导之以药石，救之以针剂，圣人和之以道德，辅之以政事，故体有可愈之疾，天地有可消之灾。”又曰：“胆欲大而心欲小，智欲圆而行欲方。诗曰：‘如临深渊，如履薄冰。’谓小心也；‘纠纠武夫，公侯干城’，谓大胆也。不为利回，不为义疚，行之方也；见机而作，不俟终日，智之圆也。”其文学也，颖出如是。其道术也，不可胜纪焉。初魏徵等受诏修齐梁周隋等五代史，恐有遗漏，屡访于思邈，口以传授，有如目睹。东台侍郎孙处约，尝将其五子亻延、儆、俊、侑、佺，以谒思邈，思邈曰：“俊当先贵，侑当晚达，佺最居重位，祸在执兵。”后皆如其言。太子詹事卢齐卿，自幼时请问人伦之事，思邈曰：“汝后五十年，位登方伯，吾孙当为属吏，可自保也。”齐卿后为徐州刺史，思邈孙溥，果为徐州萧县丞，邈初谓齐卿言时，溥犹未生，而预知其事。凡诸异迹，多如此焉。永淳元年卒，遗令薄葬，不藏冥器，不奠生牢。经月余，颜貌不改。举尸就木，空衣而已。时人异之。自注老子、庆子，撰《千金方》三十卷、《福禄论》三十卷，《摄生真箓》、《枕中素书》、《会三教论》各一卷。
开元中，复有人见隐于终南山，与宣律师相接，每往来参请宗旨。时大旱，西域僧请于昆明池结坛祈雨，诏有司备香灯，凡七日，缩水数尺。忽有老人夜诣宣律师求救曰：“弟子昆明池龙也。无雨时久，匪由弟子。胡僧利弟子脑将为药，欺天子言祈雨，命在旦夕。乞和尚法力救护。”宣公辞曰：“贫道持律而已，可求孙先生。”老人因至，思邈谓曰：“我知昆明龙宫有仙方三十首，若能示予，予将救汝。”老人曰：“此方上帝不许妄传，今急矣，固无所吝。”有顷，捧方而至。思邈曰：“尔但还，无虑胡僧也。”自是湖水忽涨，数日溢岸。胡僧羞恚而死。又尝有神仙降，谓思邈曰：“尔所著《千金方》，济人之功，亦已广矣。而以物命为药，害物亦多，必为尸解之仙，不得白日轻举矣。昔真人桓闿谓陶贞白，事亦如之，固吾子所知也。”其后思邈取草木之药，以代虻虫水蛭之命，作《千金方翼》三十篇，每篇有龙宫仙方一首，行之于世。
及玄宗避羯胡之乱，西幸蜀。既至蜀，梦一叟须发尽白，衣黄襦，再拜于前。已而奏曰：“臣孙思邈也。庐于蛾眉山有年矣。今闻銮驾幸成都，臣故候竭。”玄宗曰：“我熟识先生名久矣。今先生不远而至，亦将有所求乎？”思邈曰：“臣隐居云泉，好饵金石药。闻此地出雄黄，愿以八十两为赐。脱遂臣请，幸降使赍至峨眉山。”玄宗诺之，悸然而寤。即召寺臣陈忠盛，挈雄黄八十两，往峨眉宣赐思邈。忠盛既奉诏，入峨眉。至屏风岭，见一叟貌甚俊古，衣黄襦，立于岭下，谓忠盛曰：“汝非天子使乎我即孙思邈也。”忠盛曰：“上命以雄黄赐先生。”其叟偻而受。既而曰：“吾蒙天子赐雄黄，今有表谢。属山居无翰墨，天使命笔札传写以进也。”忠盛即召吏持牍染翰。叟指一石曰：“表本在石上，君可录焉。”忠盛目其石，果有朱字百余，实表本也。遂誊写其字。写毕，视叟与石，俱亡见矣。于是具以其事闻于玄宗。玄宗因问忠盛，叟之貌与梦者果同，由是益奇之。自是或隐或见。咸通末，山下民家有儿十余岁，不食荤血。父母以其好善，使于白水僧院为童子。忽有游客称孙处士，周游院中讫，袖中出汤末以授童子曰：“为我如茶法煎来。”处士呷少许，以余汤与之。觉汤极美，愿赐一碗。处士曰：“此汤为汝来耳。”即以末方寸匕，更令煎吃。因与同侣话之，出门，处士已去矣，童子亦乘空而飞，众方惊异。顾视煎汤铫子，已成金矣。其后亦时有人见思邈者。