时桓修手下司马刁弘引文武佐吏数百人，在城外屯扎，欲与桓修报仇。刘裕命众兵紧守四门，乃亲自登城楼上，而谓司马军吏曰：“今郭江州已奉乘舆反正于浔阳，我等受密诏诛逆党。今日贼玄首已当枭于大航，诸君非大晋之臣乎？何故助贼为乱耶？”刁弘等老臣，信以为实，乃邀众退散去讫。是日孟昶因劝桓弘出猎，次日天尚未明，弘使人开门出猎，早被刘毅、刘道规等率壮士数百人，直入内堂斩之，因收其众济江。众同推裕为盟主，总督徐州事，以昶为长史，守京口。裕率二州之众千七百人，屯于竹里，移檄远近响应。
却说桓玄设朝，文武出班山呼礼毕。群臣奏曰：“刘裕与刘毅、何无忌谋反，聚众斩桓修及弘，宜火速兴兵去讨。”玄闻弘与修死，垂泪不已，即宜顿丘太守吴甫之、右卫将军皇甫敷，领兵北拒义兵，又遣桓谦总之，三将受命欲行，玄谓谦曰：“贼兵锐甚，计出万死，若有蹉跌，则彼气成而吾事去矣！
不如屯大军于覆舟山以待之，彼空行两日，求战不得，自然散去，此策之上也。”谦辞即行去了。
游击将军何澹之奏曰：“前刘裕进谒小臣，小臣左右造说裕身光耀满室，小臣恐其不为人下，奏知陛下，陛下不以为意，今日果为患耳！臣观刘裕聚乌合之众，集蚁聚之兵，势必无成。
陛下何虑之深也？”玄谓何澹之曰：“刘裕勇冠三军，当今无敌，足为一世之雄。刘裕家无担石之储，为樗蒱一掷百万。何无忌，牢之之外甥，酷似其舅，共举大事，何谓无成？朕前之不料，今噬脐无及也！”言讫，闷闷入宫，群臣罢朝。
却说刘裕为盟主，以孟昶为长史总后军，刘穆之为司马，其时百姓愿从者千余人。率军分作三队起行，行至竹里遣使移檄都下。
三月成午，裕兵至江乘，遇吴甫之兵到，刘裕乃亲执大刀，大呼出阵，声若巨雷。甫之一见，只是不敢交锋，拨回马便走。
裕以身先拍马追斩甫之，麾令三军并进，将士无不苦战，都皆以一当百，斩首数百级。追至罗落桥，方自鸣金收军，屯于桥下。
裕乃鸣鼓集众，商议进京之计。忽流星马报说：“皇甫敷引大兵前来拒战。”当时檀凭之出谓曰：“不劳盟主亲阵，小将愿与一战。”裕乃许之。凭之即出披挂，引部下兵出阵，与皇甫敷对敌。两马相交，双戟并举，二人战上十余合，凭之气力不加，大败走回本阵，被皇甫敷骤马追赶，射一箭正中后心，翻身落马，死于阵中。刘裕在阵上一见大怒，驱坐下马，挺手中刀，如飞杀出阵来。遇了皇甫敷就战，未上十余合，裕乃佯败拖刀便走。敷只道是败，去赶，不曾提防，被刘裕勒回坐下马，舞起手中刀，望敷迎头一砍，砍死皇甫敷于马下。引兵杀进，杀得楚兵逃走无门，大队兵至离京城二百里下寨。
至次日，裕乃升帐，号泣檀凭之，情动三军，无不下泪。
而又使人去寻凭之尸首，以棺木盛之，迁葬京口。初，刘裕与凭之众人欲建大业，有善相者请裕相。裕与何无忌等近当大贵，惟云凭之无相，至此凭之战死，裕知其事已验而深信之。 却说桓玄闻皇甫敷等皆死，军马已临京城，心中大惧。乃遣桓谦以兵二万，屯于东陵口拒之。又使卞范之以兵二万屯于覆舟山西犄之。
却说刘裕领义兵先诣升帐，聚众画策进兵。当众将皆言曰：“今桓玄使桓谦屯东陵口，卞范之屯覆舟山西，吾所进者，只此二路。今敌占之，吾兵难以进也。不如退兵，先取别郡，俟其无备，方可进也。”刘裕见说大怒曰：“吾非一功至此，岂可畏而去之，是无始终也！吾明日自有破范之及桓谦之策。”
次日，使何无忌守寨，寻土人引路，自乘小车于覆舟山僻之处，遍视地理。因山岭峻险，弃车乘轿，或自步行。忽到一山，望见一谷，形如长蛇，皆是峭壁，杂绝树林之间，止有一条小路。
裕问土人是何地名？土人曰：“此乃覆舟山谷。”裕曰：“此乃天赐吾杀玄兵于此处也。”言讫，即回本寨，唤孟昶监军制油被一千条；又唤何无忌至前，吩咐引兵一千，执皂白二旗，分作两队以为疑兵，屯于覆舟山东等处，使桓谦疑不敢进。又令孟昶监五百军人，将油被挂覆舟山对面诸山谷。又令：“刘毅引兵三千挑战，可佯败，引桓谦至山谷，放火焚谦大军。吾自领兵埋伏，待其兵过，分截接战，汝等诸将，临期如令，不得有误，倘有漏泄，定按军法。”众将得令，各各依计准备而行，计排已定。 次日，刘裕引兵三千，前来诱敌。谦兵果至，二马相遇，当时刘毅跑马走出阵前，勒马横刀，大骂：“桓谦逆贼，如何不降，拒我义兵？”桓谦亦出马骂曰：“叛贼何敢骂吾！”言讫持枪便刺过来，刘毅舞刀去迎，二马相交，军器并举，两人大战二十余合。毅佯落荒而逃，谦乃挥兵追之，不三五里，追到覆舟山东，乃勒马谓诸将曰：“前日败兵回，夸刘裕用兵如神，所向无敌。今观他之用兵，可见了也。似此等军马为前部，与吾对敌，正如驱羊与虎豹对也！汝等可催赶军马，星夜赶过山东平处下寨，是吾之志也！”言讫，又追数里，前军来报：“山东两下，都有埋伏。”众不敢行，谦欲回兵，只听背后喊起，鼓角喧天，震动天地。后军又报：“后有刘裕领大队兵杀出。”桓谦慌忙传令，令众兵一齐杀过山东。令未及传，望见山上树林之中，一派火光罩地，俄而油被满树，见火就着，狂风大作，四面八方，火光弥天，烧近前来，人马自相践踏，死者不知其数。烧得尸横遍野，血满渠池。其时桓谦引了数十心腹军人，冒火冲突，杀出而走，奔投西蜀去了。
刘裕乃连夜引兵，身先士卒，并力死战，无不以一当百，百战百胜，呼声震动天地，鼓噪之音，大震京邑。诸军大溃，裕兵直至京城之下安营。
却说桓玄始虽遣军拒裕，而走意已决，乃使殷仲文具舟石头城下，待逃。当夜玄忧无寐，在宫闲行。忽左右来说，谦军败死，目今刘裕兵至京城。玄乃大惊，即引亲随数人，连夜开北门，轻船往南走，奔石头城。
裕闻玄走，至庚申日，乃引兵众入建康，立留台，总率百官，商议奉迎銮舆，收桓玄宗族在建康者，尽剿诛灭命。刘毅调兵去追桓玄，毅得令以兵去了。又命尚书主瑕率百官奉迎乘舆，亦起行去了。当时司徒王谧与众议同推裕领扬州牧，固辞不肯受，乃以谧录尚书事，领扬州刺史。裕自为镇军将军、都督八州诸军事、徐州刺史、领军将军。以刘穆之为崇邑太守，总诸大处分皆委于刘穆之。穆之仓卒立定，无不允惬。裕托以心腹，动止谘焉。穆之竭节尽诚，无所遗隐。时晋政宽弛，纲纪不立，豪杰凌纵，小民穷困。重以司马元显政令违舛，桓玄虽欲厘政，而科条烦密，众莫之从。其时穆之斟酌时宜，随方矫正。裕以身范物，以威禁内外，百官皆肃然奉职。不盈旬日间，风俗顿改为美也。 初，王谧为桓玄佐命元臣，手解帝玺绶以授玄，及玄败，众议宜诛，裕特保全之。刘毅尝因朝会，问谧玺绶所在，王谧内不自安，逃奔曲阿，刘裕遣人追还复位。 诸葛长民至豫州，失期不敢发。刁逵窃知，乃执之，槛车送桓玄，未至而玄败。送人遂破槛车放出长民，还趋历阳。刁逵乃弃城走，其部下将执刁逵以送刘裕，斩于石头城，子侄皆死。
裕初名位微薄，轻狡无行，士流皆不与相知，惟王谧独奇赏之。谓曰：“卿当为一代英雄。”刘裕尝与刁逵樗蒱，不时输与逵，被逵缚于柳下。王谧责刁逵而代裕偿，由是裕憾逵而德谧。刘裕既克建康，思昔刘牢之之恩，乃使人往洛阳，召其子刘敬宜入用，使人去了。先是敬宣知桓玄至京师，恐不容己，乃奔走洛阳。敬宜素明天文，见景象彗出，知必有兴复晋室者，尝以告所亲。又尝梦与丸土服之，觉而喜曰：“丸者桓也，桓土既吞，吾当复本土乎？”是日恰好使者至，说刘裕有召，即乃驰还京师，入见刘裕。裕乃大喜，以其为武冈县侯。因问敬宣曰：“吾与刘毅共复晋室，汝看吾与刘毅雄杰谁先？”敬宣曰：“明公天资英迈，赏罚严明，仁德兼着，不世之有，毅公何能及焉？况刘毅外宽内忌，自伐而满，若一旦遭遇，当以凌上取祸，非可与明公为并。”刘裕默然，大悦之。