前任归安县令吴之荣，因贪赃获罪，赦免后闲居在湖，得知此事后，在李廷枢的唆使下，向庄氏敲诈钱财，庄氏不理。吴即于十八年（1661）七月告发于镇浙将军柯奎。柯将此事转告浙江巡抚朱昌祚，朱下文由湖州学道胡尚衡处理。庄氏闻讯后，一面向有关官员行贿，一面请松江提督梁化凤向柯奎说情，使事情暂告平息。吴之荣因触怒庄氏，被巡道派兵送出境。吴之荣诈财不成，又遭驱斥，恼羞成怒，于康熙元年（1662）初冬将初刻本直接上京至刑部告发庄氏“私编明史，毁谤朝廷”。行前，吴将初刻本中序文及参订人员姓名之页撕去，另补刻上朱佑明的名字。当即引起朝廷震怒，执掌大权的顾命四大臣随即指派刑部侍朗等满族大员赴杭办案。接着，庄、朱等一批人犯被捕羁押。 初，朱佑明和赵君宋关押在一起，朱遂求于赵，并许以家产一半相报。赵君宋在审问时即为朱佑明开脱，称朱与庄史无涉，有家藏《明史辑略》初刻本为证，致使此案牵连的人员越来越多，成为清初第一大案（也为清朝最大的“文字狱”）。结案被捕杀的除庄氏、朱氏家属外，还包括参与此书写序、校阅、卖书、刻字、印刷的人，甚至购买该书的人。同时，一些地方官吏也被捕杀。史载，在庄氏史案中被处死刑的达70余人，被流放的家属达数百人（最多时收监人犯达两千余人）。
《榴龛随笔》。乌程朱文肃国桢致政家居，留心史事，所著有《大事记》。其已付剞劂者，谓之《史概》。未刻者尚多也，秘藏于家。后因寇盗，有庄氏赁朱氏之居。其子子相廷鎏偶见此书，窃为己有，招集知名之士，妄以己意增损于其间。而朱氏原本遂泊没矣。子相既死，乃父君维胤城，于镇北圆通庵召匠刻之。凡五年而告成，号曰《明书》。不知利害，冒昧从事，且自以为不世之业，夸张其事。一时趋附，厕名于其间。岂知遂召大祸也？先君子每扼腕太息曰：“可惜文肃公一生心血，付之东流。然取非其有，立名非真者，定有奇祸。天理昭昭，可畏也。” 朱氏之书，至启、祯两朝而止耳。窃之者子相也，续之者所聘诸子也。受其子临终之嘱而必欲刻之者，君维也。与其幼子左黄钺无与也。左黄一纨裤少年耳。当科试不得意，其妻为买妾以娱之。建百尺楼于后圃，杂艺花木，日与文士豪饮于其中，刻百尺楼诗草。乃父闻之，弗善也。后为兵备使者所赏，相见留茶款语。父乃大悦。及父就逮，左黄随护维谨。及见司败，已喑不能言，乃头触狱门而死。左黄头棘，无可为计，疾驰至通州。而籍没之令下，族属无噍类，兼及朱峋。峋湖滨人，家故微贱，以入赀贡。凡商贾经营，无不贷其金。冀三倍之息，以此自雄。其视令长，蔑如也。言利析秋毫，而于文墨之事，则无涉也。亦以得罪。归安令指为逆书有名，并其三子俱就逮。家人鸟兽散，封桩库厩尽入于官。左黄知事不可为，恐累及亲党，遂自呈身。是时，部抚司道郡县守令僚佐俱在浔镇，以民居作公馆者十有二所。闻左黄归，蜂拥之去，绝无他言。惟有皈命投诚而已。惟力辨与朱峋父子无涉，始终无异词，当事者莫不伟之。至于朱峋素行，以赀傲睨一世，父子骈戮，妻孥皆徙极边，非不幸也。
庄氏居浔未久，因其饶于赀，故世情不替。初发难为归安令，令吴姓，故墨吏也，不过为恐吓之词，以冀升斗耳。而君维即挟书入长安，草疏欲上陈。辇下诸公漫词慰遣之。时予居西村，君维归，以疏稿示余，自以为无恙矣。而墨令乃捃摭其书中悖乱之语，以达于部使者。部使者不敢隐，上之于朝，而狱不可解矣。或问逆书致罪之由，余不知其细。但闻之前人曰：“如书中所云王某孙婿，即清之德祖。所云建州都督，即清之太祖也，而直书名。又云‘长山衄而锐士饮恨于沙磷，大将还而劲卒销亡于左衽’，如此之言，散见于李如柏、李化龙、熊明遇传中。又指孔耿为叛。又自丙辰迄癸未俱不书清年号，而于隆武、永历之即位正朔，必大书特书。其取祸之端有如此。况无志、表、帝纪、世家，止有列传。即王阳明一传，有上下卷，共三百余页。其冗长无体裁可知已。所谓三长五难者安在也？”
事在辛丑之春，决狱在癸卯之秋。潘、吴诸子在狱日，以赋诗为事。时余寓凫溪，而戴子芸野笠馆于庙址之南，相距里许。时相过从，得见诸子传出音讯诗篇。及既授命，芸野为潘、吴立传，独于左黄则言其少年游冶，至于慷慨激烈。力辨朱峋之冤，则未之悉也。余为备述其故，芸野始为改窜一篇。是夜，余梦己身在一荷亭之上，左黄在水次搏颡谢余。余急起掖之，则已沉水中矣。次日，与芸野言，共嗟异之。
蒋西宿麟征，一字辕文，为蒋仪仲之子，姬载先生之犹子也。诗文敏妙，风仪秀颖。庄氏招之，初不愿就，为贫所累，不得已而赴。命之作文，不容留稿，恐其窃归也。并禁其出入，苦不可言，痛哭辞去，后竟及难。
张文通馆于庄氏，草稿皆作细楷。时子相已死矣。张以有明一代理学诸儒无人作传，故勉应之，亦不虞其至是也。闻其膝上有淡墨痕“成都杨慎”四字。张非仲隽，一名僧愿，为博士弟子员。于经史百家，无不得其旨趣。所与游皆名彦。楼居积书甚富，手录者千余卷，拥列左右，己则坐卧其中。后为庄氏所招，作有明理学诸人传。其稿另录出，名曰《与斯集》。祸未发时，已知其非，逃于僧舍。年已七十余。丁母忧，茕然缟素。有诗云：“空楼独夜雨床床，却把平生细较量。灾异日新忧患短，悲歌不足寤思长。曾无入巷哀王烈，徒有抛娘学范滂。好个与斯题目在，轻讴缓板赴排场。”就逮时，谈笑自若。与潘、吴诸人同遇害。所著有《西庐诗草》四卷。
董诵孙二酉，少有神童之名，学问渊博。与周安节相好，倡和勒诗笺。书法亦精妙。史事发时，没已三年矣，发冢斫棺甚惨。子濯万与沂，九岁有感怀五言古诗四章。顾茂伦为之跋，亦英品也。及祸至，从容就缚。士林惜之。
潘力田柽，居平望，藏书千卷。善著述，有《松陵文献》十卷。今某府二卷行世。与吴赤溟炎有志作史而未敢，商之牧斋先生。深许之。亦未有成书。其就庄氏之请，非所愿也。授命之际，谈笑自若，真杰士云。
韦元介全祉，一字真长。弟次申全。进士。青岑明杰之子也。祖镜台先生，精岐黄之术。元介先卒，次申被难。
茅鼎升元铭，鹿门先生之孙也。以明经为学博，少有文名，试每高等。与章谔臣上奏、陈暗仙骝、吴大雍盘四子齐名。伪书编纂，仅数月耳。已而之任，逮于任所。
南昌黎博庵元宽，督学两浙，年高望重。逆书有名。督抚移檄，兵围其第，全家抄没。苕城李霜回令，逆书有序，被逮时适其家有庆祝之事，亲族七十余人悉被擒至。官以渐讯免。
吴心一者，浔上董氏之仆也。少时窜身徐氏，欲读书，遐周先生怒之，必欲令入府供洒扫之役。此子徒跣哭请于先祖。遂受业门下，得列青衿。闻庄氏有史事，心艳之，得列名其中，亦被惨戮。曾有唐诗之选。吴芳轮系为之序。幸刑尊廖公昭雪，得以无恙。
刻工汤达甫、刷匠李祥甫亦为饥所驱，祸亦及之。齐康成治为博士弟子，好学能诗。子相以脯招之，其约已具二十四金矣。后批曰：“果能专精勤敏，则愿加六金。”遣仆送至。齐览而讶之，遂坚不赴，以免于祸。后以贡为学博。潘友龙尔夔，慷慨有风致，能文工书。庄氏慕之，列其名于简端。偶与君维有财帛交，以致诟。君维怒，削其名。得不罹祸。
《随笔》云：所列纂录诸子，与余有交，故略序其概。其余不相知者，不及录。