一、本書的校勘，以清康熙蔣國祚、蔣國祥兄弟刊本為工作底本，用果親王、陳澧手校的明嘉靖黃姬水本、馮班手校的明萬曆南京國子監本、清光緒廣東學海堂本、龍溪精舍叢書覆校蔣氏本、四部叢刊影明本與之相較。迷信古書，不敢輕改一字，其蔽失之陋；遇所不解，奮筆隨意改竄，其蔽失之妄。故整理古籍一要慎重細致，二要當改則改。為了使當校改者盡量得到校改，而即使出現紕漏，也使讀者有糾正的可能，特作如下處理：凡底本不誤，他本訛誤者，一律不出注；其文字有重要不同，且具參考價值者，則出注。凡可直接改正者，逕改之，並於注中說明；疑而不能決者，亦於注中提出傾向性意見。凡屬誤文、衍文當刪者，括以圓括弧；凡已改正之正文和應補入之脫文，括以方括弧。
二、現存後漢紀諸本多有訛脫，故本書除版本互校外，又用范曄後漢書、陳壽三國志、東觀漢記、七家後漢書諸書，比較異同，以資校助。
三、本書前人已做過不少校勘工作，如陳澧東塾遺稿之讀後漢紀、蔣國祚兩漢紀字句異同考、陳璞兩漢紀校記、紐永建兩漢紀校釋，以及果親王、陳澧、馮班的眉批，本書不同程度地吸取了他們的成果，并于注中一一標明所出。
四、除文字校勘外，本書注釋著重于史實的考訂，並盡量吸收前人和今人的研究成果，為研究東漢史的讀者提供方便。
五、仿資治通鑑點校本之例，于諸年號下括注干支和公曆，以便檢查。
六、本書輯得佚文七條，除附錄于書末外，且分別列入相應卷之注中，予以說明。對其一、二條有疑義者，亦考辯之。
七、有關袁宏生平及著述的記載或評論，均不多見，是研究袁宏及其史學思想的寶貴資料。現盡力網羅，分別歸入袁宏傳及其軼事、歷代著錄及雜論、敘跋諸目下，附之書末。
八、為讀者閱讀方便，書後還編附引用書目。